Q1：【選定療養を説明する時】2種類の先発品が処方されている場合、別々に算定できる？
まず、特定薬剤管理指導加算3-ロは、受付1回につき1回の算定となります。よって、2種類の先発品が処方されているからといって、1種類ずつ算定（受付1回あたり2回の加算算定）は出来ません。
例えば、今回は受付時に1種類の先発品について算定、次回の受付時にはもう1種類の先発品について算定が出来るか、というと、現実的に算定不可と考えます。
実務の観点で考えたときに、2種類の先発品が処方されている場合は、2種類一緒に患者さんに説明すると思います。説明する、という行為に対して加算が設けられているため、2種類まとめて説明されているのであれば、1回目の説明時に1回算定し、次回受付時は算定しない（説明もしない）になるものと思われます。
Q2：【選定療養を説明する時】レセプトにはどのような記録を残せばよい？
レセプト（調剤報酬明細書）には、記載すべき項目が定められています。
どの薬について選定療養を説明したかの記録については、薬剤服用歴への記録は要件上必要ですが、レセプトへの記録までは求められておりません。
以下の表で要件を整理していますのでぜひご参考下さい。
Q3：【医薬品の供給問題を説明する時】医薬品A（高血圧薬）が入荷しないため、別成分の医薬品B（高血圧薬）に変更した場合は算定出来る？
算定可能と考えられます。
要件上、「前回調剤された銘柄から別の銘柄の医薬品に変更した場合」に算定可能とされています。ここでいう、「銘柄」とは個々の商品名を指します。
つまり、「医薬品名・剤形・規格・メーカー名」が全て同じであれば同一銘柄、一つでも異なれば別銘柄となります。
（別銘柄の一例）
- エゼチミブ錠10mg「杏林」とエゼチミブ錠10mg「アメル」
- エゼチミブ錠10mg「杏林」とロスーゼット配合錠LD
（同一銘柄の一例）
- エゼチミブ錠10mg「杏林」PTP100錠とエゼチミブ錠10mg「杏林」バラ300錠
つまり、ご質問の医薬品Aと医薬品Bは別銘柄ですので、医薬品Aから医薬品Bへ変更した際は、所要の要件を満たせば算定可能ということになります。
Q4：【医薬品の供給問題を説明する時】メーカーAからメーカーBに変更（成分・剤形・規格は同じ）して算定、その後メーカーBからメーカーAに再度変更した場合も算定出来る？
メーカーBからメーカーAへ再度変更した理由によります。
算定要件上、あくまで「医薬品の供給問題で、必要な数量が確保できずに銘柄変更した場合に算定可」とされております。
つまり、メーカーAが入荷困難等で必要量を確保出来ないために、メーカーBで調剤した場合、算定は可能です。
その後、メーカーBが入荷困難で必要量を確保出来ないために、メーカーAに再度変更した場合も算定可能です。
一方で、メーカーBが入荷困難ではないが、メーカーAが入荷するようになったから、メーカーAにもどした（再度変更した）という理由なら、算定できない、ということになります。
あくまで変更理由が「医薬品の供給問題で、必要な数量が確保できないため」であるかどうかが、判断基準となります。